L'attuale Acquaviva sorge sui resti degli antichi villaggi di Malano, Ventauro, San Pietro, San Marco, Sant'Angelo e Salentino. Notizie storiche certe si hanno a datare dal XI sec. allorquando il normanno Roberto il Guiscardo concesse in feudo l'abitato di Acquaviva al suo generale Roberto Gurgulione, che aiutò gli acquavivesi durante dall'invasione dei Greci, Saraceni, Franchi.
La fertilità delle terre, la presenza di acqua nel sottosuolo, il clima temperato, permisero che Acquaviva si sviluppasse molto rapidamente e molto più degli altri insediamenti della zona.
E' per la presenza delle ricche falde acquifere che al nome Acquaviva, in seguito, è stata aggiunta la dicitura «delle Fonti».
Dell'acqua sorgiva sotterranea presente nelle falde è sempre stato fatto un grosso uso per scopi agricoli. Un macchinario denominato noria, nel dialetto locale indicato come la ngegn, consentiva di portare l'acqua in superficie in quantità tale da essere usato a scopo irriguo.
La noria consisteva in un sistema ad ingranaggi dentati, azionato da un animale (generalmente asino o mulo) che veniva fatto girare in circolo in continuazione dopo che gli erano stati applicati dei paraocchi che toglievano loro la visuale e impedivano che si rendessero conto del movimento circolare. Questo movimento faceva girare una grossa ruota in ferro posta sul pozzo cui erano legati dei secchi che in questa maniera portavano in superficie acqua a ciclo continuo. L'acqua si riversava quindi in grosse vasche di raccolta denominate pal'mmint da cui poi, attraverso una serie di canaletti, arrivava alle culture, generalmente verdure ed ortaggi, grossa ricchezza del tempo.

Normanni, Angioini, Aragonesi, Ungheresi e Lussemburghesi dominarono in successione Acquaviva. Questo succedersi vertiginoso di governanti prepotenti e ambiziosi, portarono spesso alla distruzione Acquaviva. Nell'anno 1450 fu addirittura rasa al suolo e riedificata.
Un periodo di pace e di benessere Acquaviva lo ebbe con la salita al trono della Regina Giovanna nel Regno di Napoli e, nel 1497, fu addirittura insignita del titolo di Città.
Con la restituzione del feudo di Acquaviva a Federico D'Aragona re di Napoli, tornarono angherie e sopraffazioni e lutti.

Nel 1664 il Marchese Carlo I De Mari, insignito l'anno successivo con il titolo di Principe, ricco possidente genovese, acquistò Acquaviva per 216 ducati. La dinastia dei De Mari commise abusi e prepotenze sulla polopazione tra cui il credenzerato ossia la tassa sui maritaggi.
Calamità atmosferiche, terremoto, siccità e pestilenze si susseguirono in quegli anni. Nel 1656 un'epidemia di peste interessò tutta la Puglia. Nei paesi del circondario di Acquaviva la peste si propagò a macchia d'olio e infierì mietendo molte vittime. Acquaviva fu preservata miracolosamente da tale contagio. Gli Acquavivesi attribuendo il miracolo all'intercessione ed alla benevolenza della Madonna di Costantinopoli, Protettrice del paese, si impegnarono a offrirLe in suffragio trenta pezze. Ogni anno questa tradizione viene rinnovata in occasione delle feste in onore della Madonna che si celebrano al primo martedì di Marzo ed al primo martedì di Settembre.